根据《中华人民共和国环境保护法（试行)》第１８条的规定，广州市从１９８０年８月开始征收超标排污费。首批试征５０个市属单位，第二批征收２００个单位。１９８１年４月起，由广州市排污收费管理所专门负责征收排污费的工作。同年８月，铺开第三批８２７个单位；１０月，市属５区２县开展了对区、县属企业的排污费征收工作。１９８２年７月前，按市政府制定的《广州市“三废”排放收费规定》征收；７月起，全面执行国务院《征收排污费暂行办法》所规定的方针政策、收费范围、征收标准、财务制度和使用原则。
　　排污费开征头几年，采用“自测自报”的临时计费办法，出现了“漏报、瞒报、低报”的问题。有些单位虚报、瞒报排污数量和浓度，以至收费偏低，缴费单位宁愿交费也不治理。针对这一情况，１９８３年１０月，市环保办发出《关于排污查核工作的几点规定的通知》，有计划有步骤地对所有排污单位进行“三查一核定”工作（即查漏、瞒、低报排放污染物的数量和浓度，核定应交排污费数额)。两年多时间，查核了９１６个排污单位，查出４４０个违章单位，追缴了１１５８万元排污费，并收缴滞纳金。１９８４～１９８６年由原来平均每年征收８００多万元，分别增至１３７５万元、２５０５万元和２９５４万元。
　　１９８７年，针对市与区、县的征收工作出现不平衡和超标征收执行不坚决、个体户排污费未开征等情况，及时提出了“五大挖潜”的方针，重点抓了区、县的征收工作，使区、县的排污费连续几年以２０％的速度递增。
　　１９８８年，排污收费工作转向以“块块”为重点的“全方位查核”，逐条街、逐个居委对其辖区的排污单位的排污口进行查核，清查出一批分散隐蔽的排污户，并加强了基层环保机构建设。是年排污收费突破４０００万元。
　　１９８９年，广州市财政信贷紧缩，征收排污费工作面临困难。次年４月提出“在治理整顿中稳定发展排污收费”的决策，征收的重点抓住污染大户和第三产业。另严格按照国务院规定，提高违章排污的征收标准，加强了环境经济管理。１９９０年收费继续增长，５９２３个排污单位交纳超标排污费４５７８万元。至１９９０年，共征收２.５亿多元，为企业治理污染筹集了资金。
　　为管理好征收的排污费，开设了银行专户，把所收排污费全部缴入地方财政。１９８２年７月前由市财政局作预算外收入管理，７月后纳入财政预算内管理。在排污费使用上，坚持在政策允许范围内用活资金。一是落实国家规定的补助治理政策，取信于排污企业，排污单位有为治理污染申请不超过其所交排污费８０％的补助治理资金的权利。二是按照市政府提出的“集中资金，保证重点”的原则，补助投资方向服从环保规划，相对集中安排。三是用活待分配的补助治理资金，支持企业治理污染源。从１９８５年底起由市环保办委托市建设银行发放短期低息贷款，主要用于“三废”综合利用项目、污染搬迁项目和有明显经济效益的技改项目。对此，广州市专门制定了《环境保护贷款暂行办法》，对贷款的条件、审批程序等作了明确的规定。为了提高治理资金的投资效益，还对补助项目实行合同承包制；治理项目单位与主管部门签定承包合同，提前按质完成的奖励，完不成的处罚。
　　广州市自征收排污收费以来，原则上按８０％返回治理污染，解决了治理资金来源。补助资金随着征收额不断增加而增加，排污收费成了治理污染的主要资金渠道，对促进治理、推动环保事业发展起着越来越重要的作用。